Гибридизация — основной метод в селекции люцерны. Его применение дало большое число ценных сортов, расширивших зону люцерносеяния. Эффективность применения гибридизации в селекции люцерны обусловлена: способностью к свободному перекрестному опылению и оплодотворению не только в пределах разновидности, вида, но и между видами и экотииами, генетически и биологически существенно различающимися между собой; высоким гетерозисом, получаемым при скрещивании экологически отдаленных форм;
сильной реакцией гибридного материала на воздействие условиями при формировании ценных гибридных сортов и гибридов.
Как свободная, так и искусственная гибридизация нашла свое применение в селекции люцерны раньше, чем по другим бобовым и злаковым многолетним травам. Методические разработки по применению гибридизации у многолетних трав в основном проводились в работах с люцерной. Это определилось тем, что люцерна отличается большим числом видов и экотипов, которые значительно различаются между собой по хорошо наблюдаемым морфологическим признакам — окраске венчика, форме боба, листа, прикорневой розетки и прочего. По ним легко наблюдать и изучать степень гибридности, характер доминирования, динамику изменчивости в поколениях при скрещивании различающихся по морфологии видов и экотипов люцерны.
Использование естественных гибридных популяций. Этот метод по существу явился началом работ по использованию гибридизации в селекции люцерны. Легкость свободного, даже межвидового, переопыления у люцерны обусловило стихийное возникновение естественных гибридных популяций различных видов и экотипов в природе. В культуре они появились при систематическом пересеве каких-либо местных сортов вблизи зарослей дикорастущих популяций или травостоев других сортов, при совместном высеве в коллекционных питомниках, сортоиспытании. Такие гибридные популяции, несмотря на пестроту, невыравненность по морфологическим признакам, во многих случаях отличались мощностью, энергией роста, продуктивностью. Селекционеры стали использовать их в качестве исходного материала.
Естественные гибридные популяции использовались в основном как исходный материал для применения массового отбора. Отбиралось большое число гибридных хозяйственно-ценных растений, сохраняющих достаточную популяционную разнокачественность. В ряде случаев работа с гибридными популяциями ограничивалась использованием естественного и массового негативного отборов, иногда даже в сплошных травостоях. Массовый отбор из гибридных популяций способствовал выведению сортов люцерны с более высокой продуктивностью, чем отбор из местных сортов, не имеющих гибридной природы. Повышение продуктивности к стандартам составляло 15—20%.
Наиболее эффективной была работа, когда в качестве исходного материала служили межвидовые гибридные популяции главным образом между сортотипами видов синей и серповидной люцерны. Особенно результативной эта работа оказалась в зоне с суровыми почвенно-климатическими условиями (Сибирь, Юго-Восток, степной Казахстан), где возделываемые к тому времени сорта синей и синегибридной люцерны были неустойчивыми, а дикорастущие аборигенные виды отличались ничтожной продуктивностью.