Если при перемещении каких-либо файлов с одного диска на другой, что-то происходит со вторым диском или между дисками обрывается соединение, то перемещаемые файлы стираются с обоих дисков. Проблема может возникнуть как при использовании внутренний и внешних дисков, так и при работе с сетевыми хранилищами данных.

Думаю, что проблема затронет лишь опытных пользователей, потому что по умолчанию при перетаскивании мышкой файла с одного диска на другой, он не перемещается, а копируется, то есть его копия всегда остается на месте своего первоначального хранения. Для того, чтобы файл переместить, нужно при перетаскивании зажать клавишу Command.

Решаем проблему
Нужно всего лишь не перемещать файлы (move), а копировать их (copy), после чего удалять файл с первоначального места хранения.

Подробно историю проблемы описали на macintouch.com.